En México, investigadores de la Unidad de Genómica Avanzada (UGA-Langebio) del Cinvestav tienen una propuesta para realizar un “marcaje cercano” al virus en aras de analizar la evolución y mutación del patógeno que origina el COVID-19 en la población nacional.

La propuesta, encabezada por Angélica Cibrián Jaramillo, Francisco Barona Gómez y Alfredo Herrera Estrella, consiste en realizar pruebas de diagnóstico masivas, del orden de 20 mil por semana, con las cuales no sólo se podrá obtener información sobre casos positivos o negativos, sino que será posible obtener datos en torno al comportamiento evolutivo y ecológico del virus, al secuenciar regiones del genoma del coronavirus.

Al tener este tipo de información genética, los investigadores del Cinvestav consideran que se podría emplear en modelos matemáticos más precisos que indiquen la evolución de la enfermedad a nivel poblacional, tanto a escala nacional como a poblaciones más específicas que incluso podrían ser las más vulnerables.

Un ejemplo de la utilidad de esa información es que, “al generar alrededor de 100 a 200 genomas completos de alta calidad por semana a partir de las pruebas de análisis, es posible generar los datos más informativos, como los de otros virus y de bacterias asociados, que se pueden utilizar para retroalimentar diferentes modelos de análisis y comprender mejor los factores de co-morbilidad que hacen que este virus sea letal en algunos casos”, comentó Cibrián Jaramillo.

[/media-credit] Tan solo un par de semanas después de darse a conocer los primeros casos de covid-19, en la Ciudad de Wuhan, las autoridades sanitarias chinas compartieron a la comunidad científica internacional la secuencia genética del SARS-CoV-2, también conocido como nuevo coronavirus. A partir de entonces, y a raíz de la diseminación de la enfermedad a nivel mundial, diversos grupos de investigación de cada país han encontrado y analizado mutaciones genéticas del virus que afecta a las distintas poblaciones, lo que cual no solo permite entender mejor al patógeno, sino emprender mejores estrategias sanitarias.

“Lo que nosotros estamos aspirando es que este tipo de datos genómicos apoyados con modelo matemática podrían servir para encontrar respuestas al corto, mediano y largo plazo. Por ejemplo, la posibilidad de tener un programa de vacunación cuando llegue el caso o cómo proceder en las fases de reinicio de las actividades económicas”, sostuvo Barona Gómez.

También podría ser de utilidad para identificar focos de infección y modelar la dispersión y contagio de COVID-19 útiles para realizar aislamientos clave y prevención de la dispersión masiva organizada, esto podría traer un beneficio para la economía, al agilizar el regreso a las actividades normales.

Al contar con equipo de secuenciación de vanguardia, UGA-Langebio Cinvestav establecerá protocolos adecuados con el objetivo generar secuencias de un tercio del genoma del virus y después, mediante una estrategia de filtrado de datos bioinformáticos, seleccionar las cepas que conviene profundizar en todo el genoma.

Las muestras con las que se realizarían estos análisis deberán ser provistas por algún laboratorio de bioseguridad nivel dos, para que sean inactivadas en términos de capacidad de infección viral, pero sin ser extraídas de su ácido ribonucleico (ARN), a fin de poder obtener la mayor cantidad de información de la secuencia genética.

Barona Gómez recordó que el SARS-CoV-2 codifica 24 proteínas, dentro de las cuales la mitad de ellas están codificadas en un polipéptido muy grande y que una vez que el ARN es traducido en proteínas hay un par de proteasas del virus que maduran en distintas proteínas, incluida la llamada spike o S, que es la que sirve como punto de conexión eficiente con las células de las vías respiratorias.

Al secuenciar esos fragmentos, el grupo de investigación del Cinvestav pretende poner a disposición de la comunidad científica esa información con la finalidad de que identificar las regiones que sean blancos moleculares para eventuales tratamientos.

De hecho, gracias al análisis metagenómicos de productos naturales, el grupo de investigación de Francisco Barona Gómez pudo descubrir y patentar un inhibidor de proteasas (livipeptina), el cual fue concebido como un sistema de actividad antiproteolítica (que inhibe la degradación de proteínas), pero ante la actual contingencia sanitaria, los investigadores del Cinvestav la están planteando como terapia génica.

“Junto con la empresa Liomont y el Instituto de Biotecnología de la UNAM; hemos visto que la livipeptina puede aprovecharse para tratar de inhibir el virus mediante un enfoque de terapia génica. De modo que una vez que tengamos las construcciones de las proteasas del coronavirus, vamos a generar los datos que se requieren experimentalmente para ver si es capaz de inhibir la proteasa del coronavirus y con ello generar una alternativa más para contener la enfermedad”, explicó el investigador de UGA-Cinvestav.

La ventaja del uso de la terapia génica, respecto a otras alternativas que se están estudiando para contener al coronavirus, es que se distingue por ser precisa en la forma de atacar fragmentos de ADN pequeños o a la expresión de un anticuerpo monoclonal, por lo que esta alternativa del Cinvestav sería un tratamiento de mucha utilidad que complementaría a una posible vacuna[.]